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对多重耐药菌患者首选单间隔离，也可以将同类的多重耐药菌感染患者，或者是定植患者安置在同一个房间内。但是不能将多重耐药菌感染的患者或者是定植的患者，与气管插管、深静脉置管或者有开放伤口，还有免疫功能抑制的患者安排在同一个房间内。医务人员在实施诊疗操作的过程中，有可能接触多重耐药菌感染的患者，或者定植患者的伤口、溃烂面、黏膜、血液、体液，以及引流液、分泌物、痰液、粪便时应当戴手套，必要时需要穿隔离衣。在完成对多重耐药菌感染患者，或者是定植患者的诊疗、护理操作之后，必须脱去手套和隔离衣。近年来，多重耐药菌已经逐渐成为医院感染最重要的病原菌。因此医疗机构应该针对多重耐药菌进行医院感染的监测，控制各个环节，制定并落实多重耐药菌院感的规章制度和有关操作的规范指南等。​从医疗护理、临床检验、感控等多学科的角度采取有效的措施，预防和控制多重耐药菌的传播。