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疱疹性咽峡炎和手足口病有以下的区别：1、传染病毒不一样：疱疹性咽峡炎主要是柯萨奇病毒和埃可病毒所引起，手足口病的病毒是柯萨奇病毒A16和肠病毒；2、发病人群不一样：疱疹性咽峡炎主要发生在7岁以下的孩子，传染性比较强。手足口病主要是5岁以下的孩子发病率比较高，并且传播比较强；3、传播途径不一样：疱疹性咽峡炎主要是通过呼吸道、食物接触引起。手足口病主要通过消化道传播，传染性更强；4、发作部位不一样：疱疹性咽峡炎主要在口腔。手足口病不单在口腔，还有手、足，包括臀部、肛周都会有发病。