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超声内镜是内镜前端有一个超声探头，内镜下能观察胃壁内及胃壁外紧邻消化道的病变，包括胰腺、胆道、胸腔、纵隔淋巴结。还有紧邻的消化道周围病变，如胆囊、胆管、肝脏等，病变如胆囊炎、胆结石、胰腺炎、自身免疫性胰腺炎等。另外还有胰腺占位、胆总管下段结石、胆总管下段壶腹部的占位性病变、消化道壁内间质瘤、脂肪瘤、纤维鞘瘤、平滑肌瘤等。超声内镜需要水作为介质，清晰的影像与频率、清晰度、超声深浅有关。超声内镜比内镜诊断深度更深，可以定层次、定位置，存在定性作用。