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肝胆管结石的治疗要遵循如下原则，即去除病灶，尽量取净结石，恢复胆道的通畅，保护肝细胞功能。但由于肝胆管结石的位置特殊，临床上有时很难达到特别好的临床治疗效果。目前对于肝胆管结石主要的治疗方式有以下几种：1、内镜治疗：比如十二指肠镜、ERCP(经内镜逆行胰胆管造影)逆行插入，尽量把结石取净，但因为胆管束向肝内分支越来越细，在特别细小的管道内，目前没有特别好的器械进入，所以这部分的结石有时很难取出；2、手术治疗：不管是做胆管切开取石，放置T管，还是做其他治疗，目的也是尽量把结石取净，保持胆道的通畅性。临床最多见的是胆管切开取石，留置T管，可以通过T管形成窦道、纤维软镜以及胆道镜，可以反复取石、多次取石，尽量取净结石。如果某段肝叶或肝段的胆管形成结石，长期形成胆管炎造成肝细胞损害，形成肝纤维化、肝脏萎缩，如果这类病人取石很困难，长期的肝纤维化、萎缩，有可能在后期出现肝脏病变、肝癌病变或肝恶性病变，这类病人如果局限在一侧，也可以结合做肝叶切除、取石。