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3岁儿童指甲分层的原因包括外伤和微量元素缺乏等，具体如下：1、外伤：是最常见的原因，3岁正是儿童对外界好奇的阶段，此时自身保护能力相对较差，可能在触摸外界物体时，引起指甲受伤，在随后发育过程中出现指甲分层现象；2、微量元素缺乏：若儿童频繁出现或多个指甲经常出现分层时，需注意营养问题，如维生素、微量元素缺乏或缺乏蛋白质的营养不良，均可能引起指甲分层；3、局部疾病：如真菌感染的手癣，会造成儿童局部指甲受损，出现分层现象；4、全身性疾病：如手足口病或猩红热，后期感染结束后，亦可出现指甲分层现象，但通常有前期病史，相对容易被发现。