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秋季小儿腹泻的病原体，要分清楚两个概念，具体如下：1、有些小儿可能存在秋季腹泻这个疾病，如果小儿是秋季腹泻这个疾病，常常是轮状病毒感染所引起的疾病；2、小儿在秋季的时候，可能会因为各种各样的病原感染引起腹泻，即小儿的腹泻只是发生在秋天这个季节，这个时候引起小儿腹泻的病原体就多种多样，比如各种各样的细菌或者病毒等，包括其他一些少见病原体，都可能会引起小儿腹泻。当然在秋冬季节，最常见的引起小儿腹泻，还是各种各样的病毒感染，例如轮状病毒或者诺如病毒，以及其他的各种病毒。除此之外，小儿也仍然会存在细菌感染，比如可能吃了不干净的食物等，这个时候如果出现腹泻，可能是细菌性肠炎。