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核酸检测可以用于检查梅毒，但临床上用的最多的是梅毒血清学检测，通过血清学检测梅毒特异性血清抗体是否存在阳性，和梅毒非特异性的血清抗原是否存在阳性，由这两项检查就可以帮助判断是否存在梅毒感染。核酸检测是针对梅毒核糖体的RNA作为模板进行检测，做的是反转录聚合酶链反应，叫RT-PCR的检测，这种检测能够更加敏感地检测到梅毒核糖体RNA的存在。如果存在检测阳性，就提示存在具有病毒活性的梅毒螺旋体，所以核酸检测可以用于检测梅毒，只是绝大部分的医疗机构做的最多的是梅毒血清学检测，通过血清学检测基本就可以判断梅毒。​只有少部分医疗机构同时做梅毒核酸检测，或者梅毒血清学检测可疑的情况下，需要进一步验证的基础上，可以去做梅毒核酸检测。这种检测不属于常规检测，但是核酸检测可以用于检查梅毒的，可以查出梅毒阳性。