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做卵巢B超什么时候检查最好，要取决于是什么目的去做卵巢B超，具体分析如下：1、检查卵巢囊肿：建议在月经刚刚结束这段时间去查B超，而且最好要查阴式B超。因为在月经刚刚结束时，不会有生理性囊肿的干扰。所谓的生理性囊肿，是指月经周期中有可能正常出现的囊肿。一般在黄体期，下次要来月经之前，比较容易出现生理性囊肿，也就是黄体囊肿。而在月经中期时，在排卵期有可能会把要排卵的卵泡当成囊肿。排除这些生理性的情况，所查到的囊肿才是真正的囊肿；2、检查卵泡数量：一般在月经来潮，就是来月经血的第5天检查，也就是在第2-5天检查卵巢里的基础卵泡数量；3、监测排卵：一般是从月经见血的第1天开始数，差不多从第12天开始，隔天进行阴道超声。检查卵泡生长发育的情况，直至排卵出现。这是卵巢B超在不同情况下，不同目的时，需要不同的时间去检查。