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大多数人相对并不痛苦，但有慢性咽炎或者局部反应比较强的人可能会有恶心、呕吐的刺激性反应，其过程很快。患者需要配合采集者张大口发“啊”的声音，充分暴露咽后壁，测试者会拿长柄棉签进行咽后壁和咽腭弓两侧的擦拭，每个部位擦拭2-3下，时间很快，建议尽量忍耐一下，多留取一些标本，相对检验准确率更高。多数患者会有稍微咽部不适的情况，如果有慢性咽炎或者咽部有病毒性疱疹，会反应比较强烈，可能会出现明显的恶心反射，多数抑制一下即可，如果担心有这种情况，查咽试子之前尽量选择空腹状态去即可。