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打HPV疫苗以后脸上的扁平疣并不一定会随着疫苗的注射而消失，扁平疣是由人乳头瘤病毒，也叫HPV感染所引起的一种常见的病毒性皮肤病。HPV病毒具有一百多种亚型，可以引起多种人类疾病，比如6型、11型这一类容易引起尖锐湿疣，16型、18型比较容易引起宫颈癌，另外有引起扁平疣的HPV3型等。所以不同的型别，引起的病变并不一样。而当前所用的一些HPV疫苗，包括二价、四价、九价的疫苗，它主要是针对宫颈癌以及尖锐湿疣，其中并不包括引起扁平疣的3型亚型，所以注射HPV疫苗对扁平疣并不会有太大影响。而且这些疫苗主要是一种预防性疫苗，是预防再感染HPV，而扁平疣局部已经感染过病毒，所以预防性疫苗对于扁平疣没有治疗作用。因此扁平疣并不会因为注射HPV疫苗而消失，但是它有可能随着自身免疫力的增强而自然消失。