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卵巢囊肿的病因目前尚不明确，虽然做了大量科学调查，分析研究，发现基因水平可能是最主要因素，但目前为止也没有得到非常彻底的澄清。虽然卵巢囊肿的病因并不明确，但宫颈癌的病因非常明确，为HPV造成。但其他的肿瘤，如卵巢癌、阴道癌、输卵管癌等原因也并清楚。卵巢囊肿的病因虽然不清楚，但并不影响对卵巢囊肿的处理，就是小的时候不用管它，进行随访即可。稍微大一点囊肿应进行切除，避免扭转、破裂、恶变，进行早期处理。一旦发生恶变或本身就是恶性肿瘤，应进行非常彻底的手术切除，术后根据情况给予辅助治疗。