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鼻咽拭子不同于咽拭子，鼻咽拭子需要到鼻腔的深处采集分泌物，也就是在咽腔的垂直部位。一般在做鼻咽拭子检查的时候，会通过特制的棉花棒塞到鼻子里，然后缓慢旋转插入深处。进行新型冠状病毒检测，选用的鼻咽拭子是特制的棉花棒。相对咽拭子，鼻咽拭子更柔软，会不同程度地减轻取样过程中的痛苦。棉花棒沿着鼻腔的间隙插入鼻咽部进入到深处，然后在鼻咽深处进行旋转取分泌物。此过程可能会有不适，但是大多数人都可以忍受。有一部分人鼻腔有畸形，像下鼻甲肥大、鼻中隔偏曲或者某种原因的鼻中隔狭窄，可能造成取样困难。有时可能需要换另外一侧鼻孔，进行再次取样。