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牙周炎通常用西药治疗，临床主张局部用药，如牙齿周围牙结石及死角位置清洁干净后，将药注射在牙龈的龈袋中，即牙肉的肉缝中。针对牙周病的致病菌，可使用灭滴灵，又名甲硝唑，厌氧菌在无氧情况下皆能存活，此药物可抗厌氧菌。通常不主张全身或口服用药，通过代谢至牙齿周围部位药效较低，大部分被身体代谢，毒性较大。因此，此类药物需局部点对点用药，直接针对牙周组织上药，效果好、毒性小。