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小便发臭的原因有两方面，即生理性原因和病理性原因，具体如下：1、生理性原因：最常见原因是很多患者日常饮水比较少，最直接的后果是尿液浓缩，使得尿液产生异味，有些患者会表现为小便发臭。还有些原因是饮食中摄入某些过多的物质，如最近一段时间吃肉比较多，蛋白质摄入比较多，就会导致尿液中的某些尿素含量增加，导致小便闻起来味道比较重、发臭；2、病理性原因：最常见的是泌尿系统感染，细菌从尿道逆行来到膀胱，导致尿液中细菌含量超标，同时细菌的代谢产物在尿中排出增加，导致尿液味道发生改变，导致有些患者出现尿液发臭的情况。此类患者可以做简单的尿常规进行诊断，如果尿常规中白细胞超标，就可以确诊为泌尿系统感染，可以采用敏感的抗生素进行治疗，常用的包括喹诺酮类药物、头孢菌素类药物、还有磷霉素氨丁三醇等。同时可以采用清热、利湿、利尿的药物、中成药，来进行辅助治疗。