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婴儿在疾病的时候可以吃益生菌，有好处，比如调节肠道菌群、减轻肠道病毒感染、缓解肠道副作用等，具体内容如下:1、调节肠道菌群：婴儿期肠道菌群发育不完善，尤其是新生儿，缺乏肠道正常菌群，补充益生菌能够补充肠道菌群，提高消化功能，缓解消化道症状，比如恶心、呕吐、腹胀、腹泻等；2、减轻肠道病毒感染：在疾病的时候，比如轮状病毒性肠炎，可以造成肠道菌群紊乱，而轮状病毒感染没有特效治疗，所以补充益生菌群，能够有利于益生菌增长，可以减轻肠道病毒感染；3、缓解肠道副作用：在口服抗菌素的时候，杀死肠道致病菌的同时，也可能会杀死肠道正常菌群，会造成菌群紊乱，益生菌可以补充正常肠道菌群，有助于缓解抗生素所造成的肠道副作用，抗生素和益生菌要间隔2个小时服用。