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婴儿腹泻发烧常由引起腹泻的致病菌导致的感染中毒症状，以及腹泻脱水造成。临床治疗应确定病因，给予对症治疗。如为细菌感染引起，则应用抗生素治疗；若为脱水引起，可给予口服补液盐或静脉补液治疗。此外，亦可进行微生态疗法，给予肠道益生菌或蒙脱石散等胃肠黏膜保护剂。若发热达38.5℃以上，则应给予口服退热药物治疗；若发热低于38.5℃，则采取物理降温即可。