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原发性结石是原发于尿路系统的结石，该概念在上尿路结石较少提及。一些确定因素，如尿道狭窄、尿道黏膜损伤、尿道先天发育畸形，导致在下尿路形成结石，称为原发性尿道结石。膀胱局部黏膜损伤或膀胱出口梗阻形成的膀胱结石，称为原发膀胱结石。原发性结石和继发性结石的处理无本质区别。根据下尿路结石的病因，治疗应去除病因，如尿道狭窄导致的继发性尿道结石，以解决尿道狭窄为主；膀胱出口梗阻，如老年前列腺增生后导致的原发性膀胱结石，处理膀胱结石的同时解除膀胱出口梗阻，如做前列腺增生相关手术。