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精子畸形率高达99%并不意味精子头部存在缺陷，也无法确定该患者能否正常使配偶怀孕，因此患者切勿恐慌。若其备孕时间较短，应尝试正常怀孕，若能正常怀孕，则表明精子具有正常的受孕能力；如正常备孕一年的情况下仍无法怀孕，则应采取相应的治疗措施，如改变生活、工作的方式、药物治疗等。另外，当患者精子头部的畸形率为100%时，此时无法正常怀孕的机率较大，可能需依靠试管婴儿手段怀孕。