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胃肠道间质瘤是交界性肿瘤，起初体积较小，通常为良性，逐渐长大。组织类型发生变化，核分裂数增多，逐渐演变成恶性。上述过程相对较漫长，间质瘤2cm以下均为良性，无需外科干预。但部分特殊部位间质瘤，如贲门、十二指肠乳头附近，对于1cm间质瘤，需积极手术处理。 手术切除为治疗间质瘤根本治疗方法，术中需动作轻柔，防止破损。一旦术中破损，肿瘤分级明显提升，即为恶性，易发生腹腔种植转移。间质瘤一旦变成恶性，晚期预后较差，即使术后也易发生复发，且易发生种植转移。