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肾穿刺活检术较常见的并发症为血尿及肾周血肿。其中，大部分的患者可出现血尿，主要以镜下血尿多见，而小部分的患者在肾穿后的6小时内，可出现肉眼血尿，多可在3天内缓解；而肾周血肿发生率则较低，体积较小的血肿可自行吸收，不需进行干预治疗；但体积较大的血肿，需采取介入或外科手术解决。另外，肾穿刺活检术后还可出现感染，部分患者还可出现腰痛等并发症。