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先天性巨结肠是一种需要手术治疗的疾病，手术方式有许多种，但是没有一种是十全十美的。由于先天性巨结肠需要切除病变的肠管，然后将剩余肠管与肛门吻合，会破坏原来肛管、直肠的正常解剖结构，因此术后相应的并发症比别的手术多。早期并发症主要有吻合口瘘、吻合口狭窄、直肠回缩、伤口感染等。晚期并发症主要有污粪、大便失禁、肛门狭窄甚至排尿不畅等。这些并发症大部分可通过保守治疗治愈，但是仍有少数经保守治疗效果欠佳，甚至需要再次手术治疗。所以先天性巨结肠患者应选择专业的小儿外科进行手术，可减少相应后遗症的发生几率。