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做活检后肚子疼的原因很多，常见有以下几种：1、比较常见的活检是胃镜、肠镜，肚子痛的原因可能是充气所导致，本身做活检时，要在胃镜或者肠镜中，充入很多气体，而做完活检后没有及时回抽，患者肚子，以及胃、肠等出现痉挛，便会引起肚子疼；2、活检时夹的位置较深、出血较多，甚至将胃壁或肠壁夹穿，此时要及时到急诊科就诊，通过拍片等检查，确认是否有穿孔；3、对于部分比较敏感的患者，通过胃肠镜取活检后，轻微疼痛也会被感觉到；4、对于穿刺的活检，比如B超引导下的腹腔肿块穿刺、肝脏穿刺、脾脏穿刺、肾脏穿刺等，本身穿刺的针道会引起局部的肚子疼痛。其他还包括穿刺位置过深，或穿孔后腹腔内出血等，均可引起肚子疼。综上所述，一旦出现肚子疼的情况，或短时间没有恢复，大部分患者的肚子疼是一过性，即10-20分钟、30分钟或60分钟便可好转。如果疼痛时间较长，或肚子疼逐渐严重，则应到医院及时就诊，避免耽误病情。