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无痛肠镜是在全麻下进行的检查，由于麻醉下对病人心脏和肺等全身的影响，特别是对于高龄、有心脏、肺部疾病或者脑血管疾病的患者，检查时心脑血管以及肺部疾病的风险会增加。另外做无痛肠镜的时候，腹腔有多次手术及腹腔有粘连的患者做肠镜检查时，由于患者没有痛觉，做肠镜检查时容易出现肠出血、肠穿孔的风险。如果在普通肠镜下检查，由于患者的疼痛可以提示医师，会避免继续进镜，这样可以避免肠道穿孔、出血。通常做无痛肠镜以前，医生会对患者进行全面的评估，如做心电图检查，还有麻醉师会对患者体型进行评估，考虑患者是否适合做无痛肠镜，如果患者存在的风险比较高，麻醉师可能不建议做无痛肠镜。