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系统性红斑狼疮最常见的死亡原因归为三大类。一类就是并发症导致死亡，或者说累及靶器官而导致其功能衰竭。如果红斑狼疮引起严重肾损害，可能最终会出现肾衰竭，如果影响肺，甚至出现出血性的肺泡炎，也有很高的死亡风险。另外，控制不佳的狼疮脑也可能导致死亡。因为系统性红斑狼疮治疗的核心是免疫抑制，经常会长时间使用激素与免疫抑制剂，使用这些药物会导致人的抵抗力下降。所以红斑狼疮患者在治疗过程中非常容易合并感染，感染控制不佳也是患者死亡的一个原因。还认为系统性红斑狼疮的病情再持续是一个炎症状态，这种炎症状态对心脑血管是一个独立的高危因素，所以现在也发现一些病程较长的患者最终的死亡原因，可能是一些心脑血管的方面的影响。