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新生儿脑积水患者如果经过正规治疗，行三脑室底造瘘术或脑式腹腔分流术或者脑室腹腔外引流术，其治愈有效率达到90%-95%左右，但在治疗过程当中容易出现感染，容易出现管子梗阻，但是都有办法解决，这类病人经过治疗以后不影响生活质量与智力。未经治疗的脑积水患者预后较差，50%的病人在3岁以内死去，近20%-30%的病人活到成年，活到成年的脑积水患者当中仅有38%有一般智力。如果伴有癫痫、意识障碍，患者行脑积水分流手术效果不佳，分流并发症反复出现的脑积水患者预后较差。脑室积水分流术的技术发展使婴幼儿脑积水的预后有很大的改善，很多做了分流手术脑积水的患儿拥有了正常的智力，参加了正常的社会活动。约95%左右的脑积水分流术患儿智力超过80%以上，减轻了社会和家庭的负担。