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结肠间质瘤归属于消化道间叶性肿瘤中的胃肠道间质瘤的范畴，间质瘤是一种有潜在恶性倾向的侵袭性肿瘤。会根据肿瘤部位、肿瘤大小、核分裂象计数来区分危险性，如来源于结肠的间质瘤，如果肿瘤比较小，比如不超过2cm，核分裂象计数每50个高倍视野不超过5个，可以判断为肿瘤的危险度极低，生长特征近似于良性肿瘤的表现。而肿瘤越大或者核分裂象计数越高，结肠间质瘤的危险度也会逐渐的增加，会出现像恶性肿瘤的特征，容易造成复发和远处的转移。如果出现在病程的过程当中，或者由于手术操作过程当中发生肿瘤的破裂，则不管肿瘤的大小、核分裂象计数多少，都具备高危险的因素，肿瘤发生播散、种植的可能性就非常高。