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矮小症的治疗方面首先判断病因，包括内分泌的因素、非内分泌的因素。内分泌的因素常见的包括生长激素的缺乏，与垂体有关，也与颅内的一些病变有关。如果颅内有一些器质性的病变，可以针对器质性病变进行治疗，之后如果需要进行生长激素的替代治疗，就给予生长激素的替代。如果矮小症患者甲状腺功能低下，又称呆小病，与智力、身材都有关系，给予其甲状腺功能的治疗，患者就会出现生长的加速。矮小症患者的治疗过程一定要注意，如果本身落后的身高比较多，有可能很难达到正常的身高。心因性矮小症与心理因素有关系，比如家庭不和睦、受虐待或者被遗弃等，机体有个情感中枢，心理因素在其中，可能会引起下丘脑-垂体-生长轴的分泌异常。被遗弃的小儿得到收养或者被虐待的小儿得到关爱，去除心因性因素以后，患儿的身高会有增长的过程。宫内发育迟缓的新生儿出生的时候身高就低于第10个百分位，属于不正常现象，但常常两年之内身高会有一定增长，如果速度客观，可能逐渐达到正常的身高。