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永存动脉干作为一种先天性心脏病，是在胎儿形成的过程中产生的，正常人心脏在发育的过程中，首先是由原始的动脉干和心脏实施连接，连接了以后在胚胎发育的中后期，由这一根原始的动脉干中间出现分隔，完成了螺旋分隔以后，把这根原始的动脉干分成主动脉和肺动脉这两根血管，如果原始动脉干隔在生长发育的过程中没有出现，或者是原始动脉干隔的分隔过程不正常，那这样就会造成原始的动脉干持续存在，而左右肺动脉没有通过自己独立的肺总动脉与右心室相连，而是呈原始状态依然和动脉干相连，这就形成了主动脉和肺动脉系统的血流，同时来自这一根原始的肺动脉。综上所述，如果在胚胎发育的过程中，正常的动脉干分隔没有完成，或者是出现缺陷，就会造成主动脉和肺动脉血流同时来源于这一根原始的动脉干，这样子就形成了永存动脉干。