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真菌性角膜炎的治疗分为两大部分，一部分是药物治疗，另一部分是手术治疗。对真菌性角膜炎患者，首先采用的是抗真菌的药物治疗。抗真菌的药物有局部的滴眼液和全身用的静脉输注的或者口服的抗真菌药物。通过局部或全身抗真菌药物治疗对病灶进行观察，如果病灶没有再继续进一步发展、加重或恶化，就继续进行抗真菌药物治疗。但是，抗真菌药物治疗的疗程比较长，持续三周到一个月的时间。目前市面上一种比较有效的抗真菌药物是伏立康唑，是全身静滴的，局部点的是那特真滴眼液。那特真滴眼液目前的价格1支在600-800元之间，分为国产的和进口的两种。但是从药物治疗的角度，按照以往治疗的患者推算，需要至少2-3支以上滴眼液，需要3000元的眼药水。如果再加上全身用的伏立康唑，伏立康唑一支有500元左右，每天打2支，每天的费用1000元，进行1-2周的全身用药，这样折合下来药物治疗的费用可能会有6000-7000元或者是7000-8000元。如果经过2-3周的药物治疗，真菌性角膜溃疡没有得到很好的控制，为了保留眼球的解剖结构避免患者失明，要采取角膜移植的方法。目前角膜移植的费用，材料费加手术费大约需要3万元。