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通常甲胎蛋白水平超过400μg/L以上，再结合影像学的占位，临床上可以诊断为原发性肝癌。甲胎蛋白作为诊断肝癌的一种重要的肿瘤标志物，在我国一方面用于肝癌的早期筛查，另一方面也用于临床上诊断肝癌和观察肝癌手术之后复发转移的迹象，如果血液检查发现甲胎蛋白明显升高超过400μg/L，同时在影像学，包括CT、核磁，可以看到典型的肝脏恶性肿瘤、影像学的占位，就可以在临床诊断为原发性肝癌。当然甲胎蛋白越高，肝癌的诊断准确性就越强，多数的肝癌患者甲胎蛋白可以高达十几万，甚至是几十万的水平。但是也需要注意，即使甲胎蛋白正常或者是轻度升高，如果发现肝脏占位有典型的肝癌影像学特点，也不能够排除肝癌的诊断，因为有1/3的原发性肝癌患者甲胎蛋白数值可以为正常。