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骨头发炎药物的选择要根据感染的病原菌类型、患者情况、治疗效果、抗生素的敏感试验结果来选。窦道感染时，往往窦道会有分泌物，通过分泌物或通过抽血查血培养能够查到致病菌，并且做药敏试验，这样就可以根据化验结果来选择敏感抗生素。如果不能培养出细菌，要经验性的来选择抗生素，要选择广谱抗生素，并且要求足量联合、疗程足够长，要把握这些原则，选择能够覆盖革兰氏阳性和阴性的抗生素，如一代类头孢，如头孢唑林、头孢西丁，一代头孢联合氨基糖苷类，糖苷类包括阿米卡星和庆大霉素，或一代头孢联合喹诺酮类，喹诺酮类包括环丙沙星、左氧氟沙星类。治疗之后要观察治疗效果，并且可以复查血沉、C反应蛋白，血沉、C反应蛋白可以作为观察炎症是进展还是好转的指标，通过抽血化验可以查这两项，如果通过药物治疗有效，便继续应用选择的药物治疗，如果没有效就要换高级别的抗生素。如果怀疑革兰氏阳性菌感染，要选择替考拉宁、万古霉素，如果怀疑阴性菌感染则选择头孢他啶、亚胺培南-西司他丁钠或美罗培南。