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肛瘘确诊其实也较容易，肛瘘检查首先要进行视诊，先观察肛门周围有没有外口，有的肛瘘很明显有个外口，这时不难诊断，特别是这个外口还有脓性的分泌物溢出，肛瘘诊断就更加明确了。但也有内盲瘘或高位肛瘘外头没有外口，这种情况就要进行指诊。指诊就是察看肛旁有没有绳索条状的瘘管通向肛内，有没有内口，内口周围有没有硬结，手指触诊是一种非常方便的检查方法。还有一些其他的辅助手段包括探针、肛门直肠内B超或者核磁共振，均能提供更确切、更准确的信息，帮助临床医生做出正确的判断。