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垂体柄阻断综合征的治疗要针对激素缺乏的替代治疗，垂体柄阻断综合征的标志是垂体后叶的异位、垂体柄中断以及垂体前叶发育不良，临床上会出现生长激素缺乏，合并至少一种垂体前叶激素的缺乏，而垂体后叶的功能正常。使用生长激素来补充治疗，同时也要补充所缺乏的糖皮质激素，临床最常用的是氢化可的松，氢化可的松的剂量在遇到应激，比如感染、创伤，应该适当加倍。如果存在严重的应激，不能吃东西、恶心、呕吐，需要静脉补充糖皮质激素，往往选择氢化可的松，同时要补充所缺乏的甲状腺激素。甲状腺激素的补充应该在补足糖皮质激素的基础上，再进行甲状腺激素的补充，经常使用的是左甲状腺素钠。使用左甲状腺素钠的剂量，并不能根据促甲状腺激素的水平来进行调整，也需要补充性激素。如果没有生育需求，对于女性使用人工周期补充，而对于男性通过十一酸睾酮注射液或十一酸睾酮胶丸来进行性激素的替代治疗。有生育需求则有2种方法，一种是双促治疗，补充促性腺激素，另一种方法是用GnRH类似物，通过泵来脉冲治疗。