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肺炎链球菌首选抗生素为青霉素，具体如下：1、青霉素：包括一代青霉素，还可使用广谱半合成青霉素以及其他抗生素，如阿莫西林或加入抗青霉素酶的联合抗生素，如阿莫西林克拉维酸钾；2、头孢菌素：一代头孢菌素对于肺炎链球菌效果较好，但第二代、第三代头孢菌素及氨基糖苷类抗生素，如庆大霉素等，对于肺炎链球菌疗效不佳；3、其他抗生素，如四代喹诺酮类莫西沙星等，对于治疗肺炎链球菌，效果较好。肺炎链球菌在我国耐药情况相对较广泛，但属于中度耐药，即通过增大青霉素或者相应抗生素使用量，可以将耐药的肺炎链球菌杀灭。