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骨髓炎往往需要多次手术或彻底清创，因其经常造成较大的无效腔以及复杂的骨和软组织重建骨的不稳定性，需要抗生素骨水泥、开放植骨术、可降解的抗生素缓释系统、闭合负压引流术等技术进行治疗。在重建过程中，还需要与精于组织覆盖手术的医师合作，这类手术包括皮肤移植、肌肉和肌皮瓣移植，有时还需要应用游离皮瓣移植技术。骨髓炎残余期感染的症状及体征包括窦道流脓完全消失、骨质硬化、骨质的血供和强度已正常、邻近组织均出现瘢痕化。如果有窦道存在，皮肤与骨质可粘连在一起，这种组织受伤常导致皮肤破溃，并能引起感染复发，有时难以区分骨髓炎残余期与慢性缓解期。骨髓炎残余期的治疗包括下肢不等长、成角畸形及关节畸形，必要时松解挛缩瘢痕，并用肌皮瓣代替粘连瘢痕组织。