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疱疹性咽峡炎与手足口病的区别就在于感染的病毒、临床表现不一样，具体如下：一、临床表现不同：1、疱疹性咽峡炎：是单纯以口腔颊黏膜、咽峡部出现疱疹为主要表现，并伴有发热症状的自限性疾病；2、手足口病：在手、脚、手心、脚心、口腔部位出现疱疹，重症手足口病主要合并脑干脑炎的表现，会出现明显的抽风、惊厥、心血管系统的不稳定，甚至影响到生命，还会出现神经性的肺水肿。二、感染病毒不同：1、疱疹性咽峡炎：很少由肠道病毒感染引起，主要是柯萨奇病毒感染所引起，且没有重症的疱疹性咽峡炎；2、手足口病：手足口病虽然也是柯萨奇病毒和肠道病毒感染引起，但是部分由肠道病毒所引起否重症表现，称为重症手足口病。这是二者最大的区别，此部分重症又具有生命危险性，因此鉴定二者有一定意义。