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如果初次诊断肺结核查痰的阳性率较低，因为全国平均水平是30%，即使在大医院也就达到50%左右。现在增加了新的诊断技术，比如基因检测，分子生物学的检测方法，查痰率有所增加，在查痰率较高的城市可能达到70%的阳性率，但普通医院水平在30%左右。所以对于菌阴肺结核的病人不一定不传染，因为痰菌阳性和阴性跟每次咳出痰的含菌量有直接关系，只有每毫升痰中含有5000-10000条菌时，才能看到有结核菌。所以痰菌阴性，结核菌没有查到的初诊病人还是具有传染性，不能完全排除不传染。但是如果经过治疗的患者，比如治疗几个月反复查痰，规定连续查2个月的痰涂片或者培养如果都是阴性，就认为是真正的转阴，这部分人就不具有传染性或者传染性非常低。