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奥美拉唑和兰索拉唑同属于质子泵抑制剂，作用的靶点都在胃体腺壁细胞上，抑制氢离子的分泌，从而达到抑酸效果。由于两种药物的分子结构式的侧链有所不同，就造成两个药物在生物利用度，也就是药代动力学上有一定的区别。奥美拉唑是第一代，也是世界上第一个产生的质子泵抑制剂，兰索拉唑的生产时间比奥美拉唑晚。因此，从分子结构上，兰索拉唑比奥美拉唑具有优势。兰索拉唑的生物利用度比奥美拉唑高，在服用同样剂量的情况下，兰索拉唑的有效药物浓度高，抑酸强度比奥美拉唑强，临床效果也比奥美拉唑好。兰索拉唑脂溶性比奥美拉唑更强，更容易进入到壁细胞内，更快产生抑酸效果，所以起效时间比奥美拉唑要长。通常服用奥美拉唑，要三天后，才能达到有效血药浓度，才能起到很好的抑酸效果。兰索拉唑起效时间明显比奥美拉唑短，所以在治疗酸相关性疾病时，在选择质子泵抑制剂时，要根据不同病情、不同抑酸需求，选择奥美拉唑或者兰索拉唑。如果患者病情相对较重，或者希望更快达到抑酸效果，使这疾病能更快得到恢复，兰索拉唑效果可能要优于奥美拉唑。但是对于这两个药物，由于人体对奥美拉唑或兰索拉唑，体内代谢的酶，基因多态性不同，有可能患者对于拉唑类的代谢较快，不管服用哪种药物，可能血药浓度都难以维持非常高的水平。因此，这个是因人而异，与体内的酶有关。