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脑囊虫病潜伏期就是囊虫进入肠道，脱囊，从肠壁钻出，进入血流，从血流移行到全身各个部位定居、增大、增长、死亡，然后产生临床症状之间的时间。所以脑囊虫病在潜伏期的症状非常不典型，大概是在从肠道穿破，然后进入血流，移行到全身各处定位，这段时间可能有一过性的发热，或者是嗜酸性粒细胞增高等类似于过敏性的反应，然后会在定居部位进行定位、生长，没有繁殖，就是生长，然后逐渐存活。当脑囊虫死亡，会释放出抗原，刺激周围形成水肿，出现临床症状。所以脑囊虫病潜伏期没有什么特别特异的临床表现，因为是一过性的，所以可能都没有注意到这种情况，没有监测血常规，脑囊虫就已经消散了。只有在脑囊虫出现定位之后，虫体存活对刺激周围的组织并且开始死亡时，才会释放抗原成分，引起周围水肿，以至于出现相应的头疼，然后眼部的这些症状，才会出现这些临床表现。