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肾结石所在的部位是在肾脏的范围，常见部位是在集合系统，即肾盂或者肾盏。肾盂和肾盏都是肾脏的一部分，但是肾盂与肾盏是空腔部分，是流过、通过尿液的部位，正常情况下应该只有尿液经过。在某些疾病的状态下，该部位会产生有形成分，如含钙物质或者其它结晶体的沉积，形成结石，所以肾结石的常见部位是肾盂或者肾盏，即肾集合系统。也有少部分沉积发生在肾实质的内部，此时一般不称为结石，而称为钙化，所以结石的位置以肾集合系统为主。