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干细胞移植有副作用。骨髓移植过程中，患者容易出现感染、出血、心衰、肾衰，肝功能异常的风险。移植后，患者容易出现移植物抗宿主病，具体如下：1、急性移植物抗宿主病：主要表现为腹痛、腹泻、皮疹、肝功能的异常以及胆红素的升高；2、慢性移植物抗宿主病：主要表现为肌肉、关节、皮肤以及黏膜的变化，类似于风湿性疾病、结缔组织病这些免疫性的反应，严重的患者会出现肺部的细小支气管炎，导致患者的生活质量严重下降合并感染，因为长期需要用免疫制剂，一旦合并感染，病人死亡率也相当高。