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卵泡发育不良的病因较复杂，卵泡从发育到成熟需经多方面调节，其中性腺轴本身调节问题、全身任何内分泌原因都可能影响卵泡发育。如下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱，会导致激素分泌紊乱，导致卵泡发育不良，其中发病率较高且常见疾病为多囊卵巢综合征和甲状腺疾病。 不管是甲状腺功能亢进还是甲状腺功能减退，均可导致卵子发育障碍；而糖尿病等内分泌代谢疾病、肥胖和其它导致胰岛素抵抗因素，也会导致卵泡发育障碍，出现不孕。