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慢性腹泻的预后，与患者的体质、腹泻病因、治疗等因素有关，常见如下：1、体质：若患者年老体弱或基础疾病较多，合并腹泻的情况下可出现较多并发症，导致预后不佳；2、药物反应：部分致病菌对药物反应效果差，此时患者的预后较差；3、治疗：治疗不当、治疗不及时或治疗效果较差时，会导致患者的预后较差；4、二重感染：部分患者治疗后可能会引起二重感染，出现明显的肠道菌群失调。此时患者的腹泻症状不仅无法缓解，反而会加重，甚至危及生命。