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小孩发生肾囊肿的原因有以下几种：1、遗传因素：如父母或三代以内的直系亲属存在肾囊肿，则小孩发生肾囊肿的几率要比其他同龄人高；2、化学因素：部分小孩发生肾囊肿与母亲妊娠期间接触过特殊药物、化学试剂、放射线有关，导致其肾脏在发育过程中出现异常，引起先天性肾囊肿；3、泌尿系统炎症：例如小孩存在泌尿道感染或膀胱炎，当局部炎症未能及时控制，出现逆行感染导致肾炎或肾盂肾炎，当炎症逐渐扩散后，就会在肾小球内形成细石，最后会在局部形成囊肿。这主要是炎症侵袭肾实质，引起局部组织坏死而形成，需要积极进行抗炎治疗，同时需要改善肾循环。