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肺真菌感染跟结核感染的病原体不一样。肺真菌感染是真菌引起的肺部炎症，真菌包括念珠菌以及念珠菌肺炎、曲霉菌引起的曲霉菌肺炎、肺炎球菌引起的肺炎球菌病、少见的马尔尼菲青霉菌病包括皮炎芽生菌都可以引起肺部真菌感染。二者治疗比较繁琐。肺真菌一般好发于免疫功能比较差的病人，是获得性感染，当病人条件免疫力比较差的时候容易感染，真菌有完整的细胞核。肺结核是革兰阳性的特殊细菌，细胞较小，属于原核生物，且具有传染性。肺真菌病跟肺结核的共同点在于两者均比较难治，且用药时间较长。