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儿童川崎病的主要原因尚未明确，但目前研究发现与以下常见因素有关：1、遗传因素：儿童川崎病具有遗传背景，目前研究证明有多个基因突变与儿童川崎病的发生有关；2、外部环境因素：与居住环境周围，水体潮湿度较高有一定关系，但并未找到确切证据；3、病毒感染：川崎病流行季节与流感季节密切相关，则认为川崎病可能与流感病毒感染有关。新型冠状病毒肺炎在全世界范围内流行，已经发现新冠病毒感染与川崎病发生相关；4、细菌感染：比如与链球菌感染密切相关，由链球菌感染诱发超敏反应。川崎病的临床表现与感染链球菌后的猩红热表现类似，都有发烧、皮疹、草莓舌、脱皮表现，白细胞、C反应蛋白升高；5、免疫功能紊乱：比如IgA抗体的产生。