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患者牙根发黑，原因及治疗方法具体如下：1、龋坏：可能会出现发黑的现象，需要进行充分去龋，冲洗、消毒、隔湿、吹干后，再进行窝洞的充填修复，将牙根发黑的地方用材料补起来，可以解决牙根发黑的问题；2、牙结石：牙根部位有大量牙结石、菌斑以及色素沉着，牙根逐渐变成黑褐色。可以通过全口洁治，特别是龈下刮治，可以将牙齿牙根部的异物清除，牙根发黑的问题可以得到较好的解决；3、重金属超标：建议患者少接触富含重金属的物质，多喝水，观察是否能够缓解病情。