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绝大多数情况下输注抗生素，并不会彻底治愈肛周脓肿，肛周脓肿的疾病来源，通常来自于肛门中的肛门腺感染后，向周围扩散，从而形成肛周脓肿的表现。同时由于扩散方向不同，会形成不同类型的肛周脓肿，而通过输注抗生素很难到脓肿位置。另外主要是原发灶，因此无论是输入抗生素，还是口服抗生素，对肛周脓肿的治疗，或对整体效果均比较有限。通常情况下，对于浅表的肛周脓肿，可能只要切开引流即可，不需要应用抗生素，而对于严重或范围较大的脓肿，则应该应用抗生素，但前提依旧是要切开引流。对于某些特殊类型的疾病，比如糖尿病患者，尤其是血糖控制不好，或有心脏瓣膜置入手术的患者，无论是术前还是术后，均需要应用抗生素。