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肛瘘手术出院时间主要根据术前肛瘘的严重程度，以及术中肛瘘的伤口大小而定。一般肛瘘主要分为单纯低位性肛瘘以及高位复杂性肛瘘，单纯低位性肛瘘通常比高位复杂性肛瘘恢复时间要短，因为局部创伤黏膜比较小，所以恢复起来肉芽增生速度比较快。高位复杂性肛瘘由于跨过肛门括约肌，而且伤口的位置较深，引流障碍或者引流不畅都会导致局部组织愈合速度变慢。所以术后一定要做好伤口的换药、引流等工作，必要时需要对增生的肉芽进行修剪，避免伤口出现假性愈合。低位性肛瘘住院时间一般在2周左右，高位复杂性肛瘘可能需要20天，甚至1个月的时间。