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发生粪肠球菌感染的原因主要包括以下几种：​1、污染伤口手术后：较为常见的原因是外科手术后，尤其是存在外伤，为污染伤口的患者，此类患者术后容易感染粪肠球菌；2、长期使用抗生素：长期大量使用抗生素的患者，机体的免疫能力低下，导致肠道菌群紊乱，此时粪肠球菌可能致病；3、抵抗力低下：部分免疫科、血液科的患者，由于抵抗力较差，长期使用大量激素、免疫制剂，同样较容易感染粪肠球菌。通常粪肠球菌在正常人体的呼吸道和消化道持续存在，一般情况下与人体能够正常共生，并不会致病。但是如果人体感染较为严重的疾病时，需要使用抗生素，可能导致肠道的菌群紊乱，肠道的屏障功能受到损害，粪肠球菌能够从定植的消化道，通过通透性增高的肠黏膜屏障，进入血液导致疾病。如果感染粪肠球菌，通常经验性按照大肠杆菌的抗菌谱进行抗感染治疗，医院也可以根据药敏试验，进一步指导粪肠球菌感染的抗感染治疗。